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2000年6月,在马尼拉主教区主教埃默里托·纳克皮尔(Emerito P. Nacpil)博士,卡利托·普诺(Carlito Puno)博士,罗多夫·贝尔特兰(Rodolfo Beltran)律师,勒文·普诺(Leven Puno)律师,利兹·马里亚诺(Liz Mariano)女士的启发下,对在马尼拉市中心建立真正卫理公会的需求进行了展望。 Perla Cenon和菲律宾卫斯理大学的董事会成员将其命名为菲律宾卫斯理大学–马尼拉。
管理委员会的律师Leopoldo Serrano在第一年监督WUP-Manila的事务
2000年6月至2000年8月,WUP-Manila安置在Paco Manila的CRS塔中。随着空间需求的增加,高等教育委员会专员Kate Botengan允许寻找更合适的场所。
2000年9月至2002年11月,WUP-Manila在等待其在Pasay Leveriza的永久住址时搬迁到Quirino Taft
2000年至2003年,Zenaida Lumba博士担任马尼拉WUP主席
2002年1月30日批准该计划,包括基础教育学士学位,中学教育学士学位,工商管理学士学位
2002年11月15日,现在移至其在Pasay市Leveriza的所在地。
2003年6月18日,马尼拉卫斯理学院的创建经证券交易委员会批准成立。
2003年,弗洛里塔·米兰达(Florita Miranda)博士成为第二任总统
2004年6月20日,由技术教育和技能发展局颁发的NC II照料者证书
2005年2月,由CHED授予计算机技术助理
2006年6月WCM被菲律宾市场营销卓越奖授予2005年最杰出大专院校
2007年与永久帮助系统大学建立了在印度的外国联系
2008年由约克·韩(York Han)博士率领的与中国的外国联系与厦门理工大学,地方企业Cavite State University和Ramon Magsaysay Technology School并肩作战

2008年4月,CHED批准了传播学文学士学位
2008年5月14日批准从托儿所到中学的基础教育
2008年6月20日获得CHED批准的课程,工商管理学士学位(人力资源开发管理,市场营销管理和财务管理专业)
2009年8月,国际卫理公会学校,学院和大学协会认可WCM
2011年3月26日,主教Emerito Nacpil大楼成立
2013年3月20日,菲律宾大专院校协会认可委员会(LEUCEL 1)批准了商务管理课程。
2015年,WCM成立了设施设备和管理办公室,旨在为学生和员工创造合适的学习环境。BEC还获得了会计业务和管理ABM和General Academic Strand或GAS的K12许可证。
2015年9月18日,获得菲律宾高等学校协会协会对LEVEL2的认证,即PACUCOA,获得了企业管理计划的认证。
2016年,学生事务办公室的重组导致学生和社区事务办公室的成立,该办公室旨在通过爱,正直,信仰和卓越的核心价值观促进学生发展,并将其转变为社会公民活动和仆人领袖。国家建筑。
2017年,学院通过两种IT解决方案来纪念学院的会员资格:教育测量中心和EGrade学校官方学生门户的启动。也是在今年,WCM被专业监管委员会授予CPD(持续专业发展)提供者的资格。
2018年成立了研究中心和图书馆资源中心,以在员工和学生中培养和培养学习和研究的文化。该机构还着手开展了学校的阅读计划,以解决学生的阅读问题。
在2019年,PACUCOA授予WCM II级认证,使该机构到2021年可升至III级。基础教育部也正在为2020年的认证做准备。也是在今年WCM成为PMAP成员。 (菲律宾人民管理协会)和JAP(菲律宾青少年成就)以改善其课程设置。